カテゴリ:OpenFOAM

Salome で STL の解像度を変更する方法を検討中

投稿日時 : 2014/05/28  S Nakagawa  カテゴリ:OpenFOAM
OpenFOAMのsnappyHexMeshでメッシュ生成することがあります。
その時に使うSTLファイルを，Salomeで作ることがあります。
Salome からExportしたSTLの解像度が粗いので，改善する方法を探しています。
とりあえず，1つの方法がありました。メモします。
邪道かもしれません。正式な方法をご存じの方がいらっしゃいましたら，お知らせ頂けるとありがたいです。

SALOME で，File - Preferences を選択する。
表示されるPreferencesウィンドウで，左からGeometry を選択する。
Setting中のDeflection coefficient の値を変える。

Deflection coefficient を小さくすると，STLの構成する面の要素も小さくなる。


変更例(半径0.01の円柱を作成し，底面を見たところ)
Deflection coefficient = 0.001 (Default値)


Deflection coefficient = 0.0001


Deflection coefficient = 0.00001


このように変化します。
とりあえず，曲面の粗さがすこし改善できます。
なお，上記の図は，SalomeからSTL形式でエキスポートしたものを，Paraviewで開いて表示したものです。

salomeのユーザーガイドによりますと，
Deflection coefficient - allows to define default deflection coefficient for lines and surfaces. A smaller coefficient provides better quality of a shape in the viewer.
ということです。
http://docs.salome-platform.org/salome_7_3_0/gui/GEOM/geometry_preferences_page.html
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OpenFOAM学習者向け C++プログラミング基礎　-　クラス、テンプレートクラス

投稿日時 : 2014/01/08  S Nakagawa  カテゴリ:OpenFOAM
http://eddy.pu-toyama.ac.jp/bbx440ueh-126/#_126
上記にアップデート版を作成しました。(2019/01/06)
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OpenFOAM 学習者向けのC++プログラミング基礎 学習資料を作成しました。
興味ある方は、ご覧ください。コンパイルして、試してください。
ご意見、ご感想、質問など、大歓迎です。掲示板に返信してください。
例題が陳腐です。良いアイデアがあれば、ぜひ、教えて下さい。

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今回の目的：
　クラス の基本について学ぶ。
　テンプレート クラス の基本について学ぶ。

基本方針：
　main はできるだけシンプルにしていく。


　ごく基本的なプログラム例を CODE 1 に示す。
　このプログラムでは，キーボードから整数を入力し，その値の2倍を画面に表示する。

CODE 1
#include <iostream>

int main()
{
    int n;
    std::cout << "整数を入力してください。" << std::endl;
    std::cin >> n;
    std::cout << "整数 " << n << " の2倍は " << n + n << " です。" << std::endl; 

     return 0;
}


　整数（int）型を発展させて，その値を2倍にする機能のある整数型を作り出すとする。
　この機能をクラスとして実装する。クラス名を extendedInt とする。

CODE 2
#include <iostream>
    
// クラスの定義　スタート
class extendedInt
{
    int n_;
    
    public:
    
        int makeDouble(const int& n)
        {
            return n + n ;
        };
};
// クラスの定義　ここまで
    
int main()
{
    int n;
    extendedInt extInt;
   
    std::cout << "整数を入力してください。" << std::endl;
    std::cin >> n;
    std::cout << "整数 " << n << " の2倍は " << extInt.makeDouble(n) << " です。" << std::endl; 

    return 0;
}
 
 
　クラスに整数を受け取るコンストラクタを作成する。
　画面表示部分もクラスに任せることにする。
 

CODE 3
    #include <iostream>
    
    class extendedInt
    {
        int n_;
    
    public:
    
        // constructor
        extendedInt(const int& n )
        {
            n_ = n;
        };
    
        int makeDouble(const int& n)
        {
            return n + n;
        };
    
        bool calcAndDisplay()
        {
            std::cout << "整数 " << n_ << " の2倍は " << makeDouble(n_) << " です。" << std::endl; 
        };
    };
    
    int main()
    {
        int n;
    
        std::cout << "整数を入力してください。" << std::endl;
        std::cin >> n;
    
        extendedInt extInt(n); 
        extInt.calcAndDisplay();
    
        return 0;
    }


　整数を与える部分もクラスに任せてみる。

CODE 4
    #include <iostream>
    
    class extendedInt
    {
        int n_;
    
    public:
    
        int makeDouble(const int& n)
        {
            return n + n;
        };
    
        bool calcAndDisplay()
        {
            std::cout << "整数 " << n_ << " の2倍は " << makeDouble(n_) << " です。" << std::endl; 
        };
    
        bool read()
        {
            std::cout << "整数を入力してください。" << std::endl;
            std::cin >> n_;
        };
        
    };
    
    int main()
    {
        extendedInt extInt;
    
        extInt.read();
        extInt.calcAndDisplay();
    
        return 0;
    }


　整数と同じようなものを、実数でも実現したいとする。
　単純に考えると、整数用と実数用の2つのクラスを作るかも。

CODE 5
    #include <iostream>
   
    // 整数専用クラス
    class extendedInt
    {
        int n_;
    
    public:
    
        int makeDouble(const int& n)
        {
            return n + n;
        };
    
        bool calcAndDisplay()
        {
            std::cout << "整数 " << n_ << " の2倍は " << makeDouble(n_) << " です。" << std::endl; 
        };
    
        bool read()
        {
            std::cout << "整数を入力してください。" << std::endl;
            std::cin >> n_;
        };
    };
   
    // 実数専用クラス
    class extendedFloat
    {
        float f_;
    
    public:
    
        float makeDouble(const float& f)
        {
            return f + f;
        };
    
        bool calcAndDisplay()
        {
            std::cout << "実数 " << f_ << " の2倍は " << makeDouble(f_) << " です。" << std::endl; 
        };
    
        bool read()
        {
            std::cout << "実数を入力してください。" << std::endl;
            std::cin >> f_;
        };
    };
    
    int main()
    {
        extendedInt extInt;
        extInt.read();
        extInt.calcAndDisplay();
    
    
        extendedFloat extFlt;
        extFlt.read();
        extFlt.calcAndDisplay();
    
        return 0;
    }


　ほとんど同じことを書いたクラスが2つ。内部に持つ型が異なるだけ。
　まとめられないの？templateを使ってまとめましょう。
　先ほどの2つのクラスで，int または float だったところを，Type と名前をつけたテンプレートクラスで宣言します。クラスの定義内で，Type となっている部分は，mainから呼び出す際に定めたクラスとなります。

CODE 6
    #include <iostream>
    #include <string>
    
    template<class Type>
    class extendedType
    {
        Type x_;
        std::string type_;
    
    public:
    
        extendedType(const std::string& type)
        {
            type_=type;
        }
    
        Type makeDouble(const Type& x)
        {
            return x + x;
        };
    
        bool calcAndDisplay()
        {
            std::cout << type_ << x_ << " の2倍は " << makeDouble(x_) << " です。" << std::endl; 
        };
    
        bool read()
        {
            std::cout << type_ << " を入力してください。" << std::endl;
            std::cin >> x_;
        };
    };
    
    
    int main()
    {
        extendedType<int> extInt("整数");
    
        extInt.read();
        extInt.calcAndDisplay();
    
    
        extendedType<float> extFlt("実数");
    
        extFlt.read();
        extFlt.calcAndDisplay();
    
        return 0;
    }


　コンストラクタを作成しました。クラスからオブジェクト(インスタンス)を作る時に、型の名前を渡すようにしました。
　mainでの宣言部分に注意してください。宣言時に、クラス側のtemplateが決定されます。

　これで、色々な型に対応できます。
　文字列型にも。ただし、演算子+が使える必要があります。


CODE 7
    #include <iostream>
    #include <string>
    
    template<class Type>
    class extendedType
    {
    private:
        Type x_;
        std::string type_;
    
    public:
    
        extendedType(const std::string& type)
        {
            type_=type;
        }
    
        bool calcAndDisplay()
        {
            std::cout << type_ << x_ << " の2倍は " << makeDouble(x_) << " です。" << std::endl; 
        };
    
        bool read()
        {
            std::cout << type_ << " を入力してください。" << std::endl;
            std::cin >> x_;
        };
    
    private:
        Type makeDouble(const Type& x)
        {
            return x + x;  
        };
    };
    
    
    int main()
    {
        extendedType<int> extInt("整数");
        extInt.read();
        extInt.calcAndDisplay();
    
        extendedType<float> extFlt("実数");
        extFlt.read();
        extFlt.calcAndDisplay();
    
        extendedType<std::string> extStr("文字列");
        extStr.read();
        extStr.calcAndDisplay();
    
        return 0;
    }
0

OpenFOAM-1.6-extをLubuntu 12.04(仮想マシン) にインストール

投稿日時 : 2013/07/04  S Nakagawa  カテゴリ:OpenFOAM
icoFsiFoamを試したいので，OpenFOAM-1.6-extをインストールした仮想マシンを作成した．その手順をメモします．

今回は，VMWarePlayer用仮想マシン（メモリ1GB，HDD 20GB）に，OSとしてLubuntu12.10 32bitをインストールした．仮想マシンを軽くしたいので，Lubuntuを採用．


下記サイトの情報に従ってインストール作業を実施する｡ほぼ指示通りだが，一部のファイル入手先を変更する必要がある．

http://openfoamwiki.net/index.php/Installation/Linux/OpenFOAM-1.6-ext/Ubuntu


上記サイトで，Ubuntu12.10に追加が必要とされるパッケージ

git flex bison rpm g++ zlib1g-dev binutils-dev openmpi-bin libopenmpi-dev paraview libscotch-dev cmake libstdc++5

OpenFOAM公式版で Ubuntu に追加が必要とされているパッケージ

build-essential flex bison cmake zlib1g-dev qt4-dev-tools libqt4-dev gnuplot libreadline-dev libncurses-dev libxt-dev

Lubuntuなので，追加が必要と思われるパッケージ

gcc make qt4-qmake


これらパッケージを，まとめてインストール

sudo apt-get install git flex bison rpm g++ zlib1g-dev binutils-dev openmpi-bin libopenmpi-dev paraview libscotch-dev cmake libstdc++5 build-essential qt4-dev-tools libqt4-dev gnuplot libreadline-dev libncurses-dev libxt-dev gcc make qt4-qmake


vmware-toolsのインストール


OpenFOAM-1.6-extの入手

git clone git://git.code.sf.net/p/openfoam-extend/OpenFOAM-1.6-ext openfoam-extend-OpenFOAM-1.6-ext


入手したコードをユーザディレクトリ下に配置

mkdir ~/OpenFOAM/

mv openfoam-extend-OpenFOAM-1.6-ext ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6-ext


インストールディレクトリに移動

cd OpenFOAM-1.6-ext


preferencesファイルに設定を書き込む｡etc/prefs.sh-EXAMPLEというファイルをコピーして，etc/prefs.shを作成し，必要な設定を書き換えていく｡(sedコマンドを利用する｡)

下記コマンドを順に実行する｡(#の行はコメントなので，実行不要．)

cp etc/prefs.sh-EXAMPLE etc/prefs.sh

#Use the system compiler and configure to use Gcc 4.7

sed -i s/"compilerInstall=System"/"compilerInstall=System"/g etc/prefs.sh

echo "export WM_COMPILER=Gcc47" >> etc/prefs.sh

# Use the system installation of OpenMPI

sed -i s/"#export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI"/"export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"#export OPENMPI_DIR=path_to_system_installed_openmpi"/"export OPENMPI_DIR=\/usr"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"^#export OPENMPI_BIN_DIR"/"export OPENMPI_BIN_DIR"/g etc/prefs.sh

# Use the system's ParaView

sed -i s/"#export PARAVIEW_SYSTEM=1"/"export PARAVIEW_SYSTEM=1"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"#export PARAVIEW_DIR=path_to_system_installed_paraview"/"export PARAVIEW_DIR=\/usr"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"^#export PARAVIEW_BIN_DIR"/"export PARAVIEW_BIN_DIR"/g etc/prefs.sh

# Use the system's Scotch

sed -i s/"#export SCOTCH_SYSTEM=1"/"export SCOTCH_SYSTEM=1"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"#export SCOTCH_DIR=path_to_system_installed_scotch"/"export SCOTCH_DIR=\/usr"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"^#export SCOTCH"/"export SCOTCH"/g etc/prefs.sh

sed -i 's-SCOTCH_DIR/include$-SCOTCH_DIR/include/scotch-g' etc/prefs.sh

# Use the system's CMake

sed -i s/"#export CMAKE_SYSTEM=1"/"export CMAKE_SYSTEM=1"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"#export CMAKE_DIR=path_to_system_installed_cmake"/"export CMAKE_DIR=\/usr"/g etc/prefs.sh

sed -i s/"^#export CMAKE"/"export CMAKE"/g etc/prefs.sh
コンパイルに使うCPUコア数を指定する．仮想マシンのコア数を2にしていたので，2コアとした．

#here you can change 4 to the number of cores you've got

echo "export WM_NCOMPPROCS=2" >> etc/prefs.sh
paraFoamの設定を変更する．

#we'll need to switch to the internal reader for ParaView

sed -i -e 's=\.OpenFOAM=\.foam=' bin/paraFoam

sed -i -e 's/^unset/export LC_ALL=C; unset/' bin/paraFoam

gmakeコマンドが使われる場合があるので，makeのリンクとして作成する｡

#Create a symbolic link for gmake

ln -s /usr/bin/make bin/gmake

tecioのための設定．

#disable X dependencies in tecio

sed -i -e 's=\(U_WIN32\)$=\1 -DENGINE=g' applications/utilities/postProcessing/dataConversion/foamToTecplot360/tecio/tecsrc/Make/tecioOptions


OSが32bitか64bitかを確かめるために，下記コマンドを実行する｡

この結果が，i686 であれば 32bit，x86_64 であれば64bitとなる｡

uname -m


32bit版なので，下記を順に実行する．

echo "export WM_ARCH_OPTION=32" >> etc/prefs.sh

#copy the rules from ''Gcc46'' to ''Gcc47''

cp -r wmake/rules/linuxGcc46 wmake/rules/linuxGcc47

# due to stricter name lookup rules in 4.7 we need to tell the compiler to lighten up on this

sed -i 's/^\(c++FLAGS.*\)/\1 -fpermissive/g' wmake/rules/linuxGcc47/c++

もし，64bit版の場合は下記となる．

#copy the rules from ''Gcc46'' to ''Gcc47''
cp -r wmake/rules/linux64Gcc46 wmake/rules/linux64Gcc47
 # due to stricter name lookup rules in 4.7 we need to tell the compiler to lighten up on this
sed -i 's/^\(c++FLAGS.*\)/\1 -fpermissive/g' wmake/rules/linux64Gcc47/c++

bashrc設定ファイルを読み込んだ後，.bashrcに追記する．

source etc/bashrc

echo "source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6-ext/etc/bashrc" >> $HOME/.bashrc


ThridPartyに移動する．

cd ThirdParty


ParMGridGenのウェブサイトを変更

sed -i 's= http://www.mgnet.org/mgnet/Codes/parmgridgen=http://www-users.cs.umn.edu/~moulitsa/download=' rpmBuild/SPECS/ParMGridGen-1.0.spec AllMake.stage3


システムに追加したcmakeを使うため，cmakeのコンパイルをしない．

sed -i 's=^( rpm_make -p cmake=#( rpm_make -p cmake=' AllMake.stage1


ThirdPartyのコンパイルを実行．数分から30分程度は必要．メッセージはファイルに書き込む．

# This next command will take a while... somewhere between 5 to 30 minutes

./AllMake > log.AllMake 2>&1


もう一度，上記と同じものを実行する．これで，途中の細かいメッセージはなくなり，インストールの要約がファイルに書かれることになる．

#Run it a second time for getting a summary of the installation

./AllMake > log.AllMake 2>&1


log.AllMakeファイルの中身を確認する．

おそらく，libccmio のコンパイルに失敗している．対応方法は不明．設定ファイルを修正する必要がありそう．Star-CCMメッシュを扱わないときは，無視して良い？


ここから，OpenFOAM 1.6.ext本体のコンパイル作業に入る．


cd ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6-ext

source etc/bashrc


OpenFOAM 1.6.ext本体のコンパイルを実行．30分から数時間程度は必要．メッセージはファイルに書き込む．

# This next command will take a while... somewhere between 30 minutes to 3-6 hours.

./Allwmake > make.log 2>&1

もう一度，上記と同じものを実行する．これで，途中の細かいメッセージはなくなり，インストールの要約がファイルに書かれることになる．

#Run it a second time for getting a summary of the installation

./Allwmake > make.log 2>&1


コンパイルができているかを確認するため，下記を実行．icoFoamの使い方が表示されればOK．

icoFoam -help


通常のOpenFOAMと同様に使うには，下記を順に実行して，tutorialsをコピーする．

mkdir -p $FOAM_RUN

cp -r $FOAM_TUTORIALS $FOAM_RUN


icoFoamのcavity例題で，動作を確認する．

cd $FOAM_RUN/tutorials/incompressible/icoFoam/cavity

blockMesh

icoFoam

paraFoam


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icoUncoupledKinematicParcelFoamのバージョン比較

投稿日時 : 2013/04/30  S.Iriyama  カテゴリ:OpenFOAM
OpenFOAMのバージョンが2.2.0に更新されました。
その際、icoUncoupledKinematicParcelFoamにおいて従来の2.1.0の設定ファイルでは粒子が発生しない現象が起きました。

ver.2.1.0とver.2.2.0の各ファイルを見比べたものを添付します。
ソルバーは，icoUncoupledKinematicParcelFoam
チュートリアルは，hopper/hopperInitialstate です。
icoUncoupledKinematicParcelFoam_comparison.pdf

粒子に関しての設定ファイル、kinematicCloudProperties 内の injectionModel の記述方法に変更がありました。設定する項目自体に変りはありません。

またソースコードの一部に変更がありました。
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